1876～1878年間左宗棠指揮清軍驅(qū)逐侵占新疆的阿古柏侵略軍，維護(hù)祖國(guó)領(lǐng)土完整的戰(zhàn)爭(zhēng)。
    戰(zhàn)爭(zhēng)起因及雙方作戰(zhàn)部署 19世紀(jì)中葉，資本主義列強(qiáng)在世界范圍內(nèi)爭(zhēng)奪殖民地的斗爭(zhēng)加劇，英俄兩國(guó)在中亞地區(qū)的角逐激化，對(duì)中國(guó)西部邊疆安全構(gòu)成直接威脅。1865年(清同治四年)，中亞浩罕汗國(guó)(在今烏茲別克斯坦境)軍事頭目阿古柏在英國(guó)支持下，率兵侵入南疆，建立"哲德莎爾"偽政權(quán)，進(jìn)而占領(lǐng)天山南北廣大地區(qū)，實(shí)行殖民統(tǒng)治。清政府忙于鎮(zhèn)壓內(nèi)地人民起義，無暇西顧。    1871年，俄國(guó)又乘機(jī)出兵占領(lǐng)時(shí)為新疆軍政中心的伊犁地區(qū)，加緊與英國(guó)爭(zhēng)奪中國(guó)西北邊陲。與此同時(shí)，中國(guó)東南、西南和南部邊疆也面臨列強(qiáng)侵略威脅，邊疆危機(jī)日益嚴(yán)重。1875年(清光緒元年)，清廷采納左宗棠等人當(dāng)務(wù)之急是出兵收復(fù)新疆的主張，任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務(wù)。
    左宗棠根據(jù)新疆?dāng)城榧暗乩硖攸c(diǎn)，制定了"先北后南"、"緩進(jìn)急戰(zhàn)"的戰(zhàn)略方針。同時(shí),籌運(yùn)糧餉,整頓軍隊(duì)，改善武器裝備，并編組了一支以道員劉錦棠部、都統(tǒng)金順部、提督張曜部為主的作戰(zhàn)部隊(duì)，共約六七萬人，委劉錦棠總理行營(yíng)營(yíng)務(wù)，加緊進(jìn)行戰(zhàn)爭(zhēng)準(zhǔn)備。
    1876年4月，左宗棠從甘肅省城蘭州移駐肅州(今酒泉)。時(shí)已入新疆的張曜部屯哈密,金順部屯巴里坤、古城(今奇臺(tái))一帶。根據(jù)既定方針，左宗棠令劉錦棠率所部湘軍分批出嘉峪關(guān)，經(jīng)哈密前往巴里坤，會(huì)合金順?biāo)肯热”甭罚幻鼜堦撞抗淌毓埽罃秤赏卖敺瑬|犯。阿古柏得悉清軍西進(jìn)，即由阿克蘇趕至托克遜部署防御：以白彥虎(投敵的原陜西回民起義軍首領(lǐng))、馬人得(投敵的原新疆封建割據(jù)集團(tuán)頭目)等率部分守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍；以一部兵力防守勝金臺(tái)、辟展(今鄯善)一線；主力2萬余人分守達(dá)坂、吐魯番、托克遜，成犄角之勢(shì)。
    收復(fù)北疆 1876年8月上旬，劉錦棠、金順二部清軍從阜康出發(fā)，采取聲東擊西的戰(zhàn)法 ，避開供水困難的大道，走敵雖嚴(yán)密防守但水源充足的小道，出敵意外地迫近烏魯木齊北面重地古牧地(今米泉)。掃清敵外圍據(jù)點(diǎn)后，用大炮轟塌城墻，17日從缺口沖入城內(nèi),一舉殲敵5000余人,并乘勝于18日收復(fù)烏魯木齊。白彥虎、馬人得等倉皇南逃。爾后，左宗棠命劉錦棠部駐守烏魯木齊，防止阿古柏軍北犯，并繼續(xù)清剿山中殘敵；命金順揮軍西進(jìn)。昌吉、呼圖壁及瑪納斯北城之?dāng)陈勶L(fēng)潰逃。9月初,金順部開始攻瑪納斯南城，月余不克。后劉錦棠、伊犁將軍榮全先后增援會(huì)攻，于11月6日占領(lǐng)該城。至此，天山北路為阿古柏軍占領(lǐng)之地全部收復(fù)。時(shí)臨冬季，大雪封山，劉錦棠等就地籌糧整軍，以待來年進(jìn)軍南疆。
    挺進(jìn)南疆 1877年4月，左宗棠指揮清軍三路并進(jìn)：劉錦棠部自烏魯木齊南下攻達(dá)坂；張曜部自哈密西進(jìn)；記名提叫煺 彪部出巴里坤，至鹽池與張曜部會(huì)師，合攻辟展、吐魯番。劉錦棠部奇襲包圍達(dá)坂，19日破城，斃俘敵3000余人。隨即分兵一部助攻吐魯番，主力直搗托克遜，迫守?cái)澈９爬?阿古柏次子)于4月下旬棄城西逃。與此同時(shí)，張、徐二部清軍連克辟展、勝金臺(tái)等地，吐魯番守?cái)嘲讖┗⑼L(fēng)西竄，馬人得率部投降。至此，南疆門戶洞開。阿古柏見大勢(shì)已去,5月下旬于庫爾勒氣急暴病而死(一說絕望自殺,或謂被人毒死)。海古拉攜其父尸西遁,由白彥虎防守喀喇沙爾(今焉耆)、庫爾勒等地。阿古柏長(zhǎng)子伯克·胡里在庫車殺其弟海古拉，后于喀什噶爾(今喀什)稱王，企圖在英俄庇護(hù)下負(fù)隅頑抗。
    左宗棠決心盡復(fù)南疆，遂以劉錦棠部為"主戰(zhàn)"之軍，以張曜部為"且戰(zhàn)且防"之軍，相繼長(zhǎng)驅(qū)西進(jìn)。南疆各族人民久受阿古柏的荼毒，紛紛拿起武器配合清軍作戰(zhàn)。10 月,劉錦棠部以破竹之勢(shì),馳騁2000余里，收復(fù)喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等南疆東四城。西四城葉爾羌(今莎車)、英吉沙爾(今英吉沙)、和闐(今和田)、喀什噶爾之?dāng)骋嫘喂铝?內(nèi)部分崩離析，已降敵的前喀什噶爾守備何步云亦乘機(jī)反正。劉錦棠聞?dòng)崳⒓磽]軍分路前進(jìn)，于12月中下旬連克喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙爾。伯克·胡里、白彥虎等率殘部逃入俄境。1878年1月2日，清軍攻克和闐。至此，整個(gè)新疆除沙俄侵占的伊犁地區(qū)外，全部收復(fù)。
    清軍收復(fù)新疆戰(zhàn)爭(zhēng)的勝利，徹底粉碎了英俄企圖利用阿古柏肢解和侵吞中國(guó)西北領(lǐng)土的陰謀。沙俄迫于阿古厙致允 力已徹底失敗、左宗棠正積極部署進(jìn)軍伊犁，同意與清政府舉行談判。經(jīng)過長(zhǎng)期反復(fù)交涉，于1881年簽訂《中俄伊犁條約》。中國(guó)收回了伊犁和特克斯河上游兩岸領(lǐng)土，從而使新疆各族人民免遭殖民統(tǒng)治，重回祖國(guó)懷抱。